工程款支付流程:1、预付款流程,由施工单位提交《预付款支付申请表》给预算专员,预算办根据合同约定审核预付款,签署申请表然后交给财务部;2、进度款支付流程,施工单位先向工程部提交申请表,并附上已完工程的预算书;工程部审核当月完成的项目及相关工程量,审核完毕由工程部经理签字后交到预算专员。根据法律规定,工程完工后,双方应按照约定的合同价款及合同价款调整内容以及索赔事项,进行工程竣工结算。工程竣工结算分为单位工程竣工结算、单项工程竣工结算和建设项目竣工总结算。