农村宅基地建房面积超标的处理是以非法占用土地论处，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地。违反土地利用总体规划的限期拆除、恢复土地原状，符合土地利用总体规划的没收占地建筑物、可以并处每平方米30元以下的罚款。
