民间自制药申请专利流程如下:1、申请:申请人按照规定提交申请材料; 2、受理和缴费:向国家知识产权局受理申请,当事人缴纳专利申请费; 3、初审:国家知识产权局受理后进行初步审查; 4、提前公布:初步审查后即行公布; 5、实质审查:国家知识产权局根据申请人的请求进行实质审查; 6、授权登记:审查通过后,授权发给发明专利证书,同时予以登记和公告。