环保部门检查有权让企业停产。环保部门在检查过程中发现企业存在严重的环境违法行为或造成严重的环境污染危害的,有权要求企业立即停产或限制生产,采取必要的整改和纠正措施,责令该企业停业整改是环保部门行政执法的权力之一。