运输生猪刑事立案标准是:1.运输生猪未取得许可证,个人非法经营五万元以上或违法所得一万元以上的;2.运输生猪未取得许可证,单位非法经营五十万元以上或违法所得十万元以上的;3.虽未达到上述数额标准但两年内因非法运输生猪受过二次以上行政处罚又被查处的。