是有可能扣工资的，但不会全扣。 根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80％。因此，该问题在不同企业或单位的规定不同，无法一概而论。因手术请假是有可能扣工资的，但工资不会低于最低工资标准的80％。同时，根据我国《劳动法》，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
可以起诉，建议先与医院进行协商或者向卫生部门投诉，没有解决办法再对医院起诉。
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