食品经营许可证的办理流程为:(1)食品经营许可证办理流程是,先向县级的食品安全监督管理部门提出申请;(2)然后提交相关材料,再由食品安全监督管理部门审核,并可以进行现场核查;(3)最后符合条件的,发给许可证,不符合条件的,书面说明理由。