民间自制药申请专利流程如下：1、申请：申请人按照规定提交申请材料； 2、受理和缴费：向国家知识产权局受理申请，当事人缴纳专利申请费； 3、初审：国家知识产权局受理后进行初步审查； 4、提前公布：初步审查后即行公布； 5、实质审查：国家知识产权局根据申请人的请求进行实质审查； 6、授权登记：审查通过后，授权发给发明专利证书，同时予以登记和公告。
法律分析： 药方专利申请需要提供以下内容： 1.药方的组成内容以及各个组分的含量； 2.提供药物的制备方法； 3.需要提供药物的使用方法以及有效的剂量； 4.需要拿出药效学的试验报告以及临床试验总结。
