申请劳动仲裁后确认劳动关系补缴社保流程有以下两点:1、看双方提供的相应证据材料。如劳动合同、工资发放的证据、工作通知之类邮件,微信群等、业务合同等;2、补缴社保,主要还是仲裁裁决,然后公司超过裁决期限未提出司法申诉,到当地社保局提交补缴申请,通过计算划款即可。用人单位与劳动者建立劳动关系的,应当自劳动关系确立之日起订立书面劳动合同,如果没有签订劳动合同的,应当自用工之日起签订。