签认罪认罚书免于起诉会有案底。只要构成了犯罪就会留有案底，与是否认罪认罚没有关系，犯罪嫌疑人认罪认罚，符合速裁程序适用条件的，应当在十日以内作出决定。因此，认罪认罚不起诉可以依法从宽处理，但也是会有案底的。
