宅基地超占的处理是： 由政府部门责令退还，违反土地利用总体规划擅自农转建的限期拆除、恢复土地原状，符合土地利用总体规划的没收新建设施、可以并处罚款。 农民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超占。
对那些不符合土地利用总体规划和村庄集镇规划的宅基地超面积部分，或超过省（自治区、直辖市）规定标准的宅基地超占部分，可在土地登记簿和土地权利证书记事栏内注明超过标准的面积数，待以后分户建房，或现有房屋拆迁翻建，或政府依法实施村庄集镇规划重新建设时，村民让出超占的面积后，重新进行确权登记。
