擅自“五入”侵害了消费者的权益,根据《消费者权益保护法》规定,经营者与消费者进行交易,应当遵守自愿、平等、公平、诚信的原则。超市采取四舍五入的做法,“四舍”属于商家让利的自愿行为,但商家擅自“五入”的做法则违背了消费者的公平交易权,侵害了消费者的权益。