处理运输纠纷一般有四种途径，即当事人自行协商解决。调解。仲裁和诉讼。
如果运输合同是与被挂靠单位签订的，货物由挂靠人运输的，产生运输合同纠纷时，可以追究挂靠单位的责任。
运输合同纠纷可以：（1）当事人自行协商解决；（2）申请人民调解委员会或者其他第三方机构调解；（3）根据仲裁条款或者仲裁协议申请仲裁；（4）向有管辖权的法院提起诉讼来解决。
