非法扣押车辆的赔偿方式如下：（1）如果因为扣押车辆所造成的停运期间的损失，那么赔偿损失的标准可以参照车主本人运营该车的前六个月的经营收入（2）如果车主本人无法举证的，那么赔偿标准可以参考当地上年度运输行业收入标准来确定。
