非法运输危险物质罪立案标准是:造成人员重伤或者死亡的;造成直接经济损失十万元以上的;非法制造、买卖、运输、储存毒鼠强、氟乙酰胺、氟乙酰钠、毒鼠硅、甘氟原粉、原液、制剂五十克以上,或者饵料二千克以上的;造成急性中毒、放射性疾病或者造成传染病流行、暴发的;造成严重环境污染的等。