处理商品房预售合同纠纷的方式是:有约定的按约定;没有约定的,协议优先;协商不成的可以申请基层组织进行调解;调解不成的可以向法院起诉;当事人有签订仲裁协议或仲裁条款的,可以申请仲裁机构进行仲裁。行为人也可以直接诉讼或仲裁。