所有权依原始取得或者继受取得。前者就是建造等，后者是买卖、继承、赠予等。房子是父亲建造的，所有权就是父亲和母亲共有的（如果夫妻关系存续）。父亲可能户口迁出农村，但儿子没有迁出，依法享有宅基地使用权保障基本生活。未成年人必须由法定代理人申请宅基地。所以父亲代为申请合法。同时父亲有抚养义务，提供基本生活条件，建造房屋也是其履行义务合法行为。根据房地一体原则，房屋产权是谁的，土地使用权就是谁的。所以房产证要做父亲的。除非父亲书面表示赠予。