跨县住院新农合报销流程如下：
1、患者本人/家属带患者身份证（或户口本）、两张一寸彩色照片、新农合医疗证到参合地经办机构转诊备案手续，也可以致电办理；
2、携带患者身份证、新农合医疗证和转诊备案手续到转诊医院就医，办理新农合住院手续，只有要找跨省定点医疗机构就医；
3、患者住院接受治疗；
4、出院后，凭患者本人身份证（或户口本）、新农合医疗证、病历复印件、住院结算单（有的是发票形式的）、住院费用清单、转诊备案手续到参合地经办机构报销。
以下情况不列入新型农村合作医疗报销范围：
1、非区内定点医院门诊医疗费用（特殊病种门诊治疗费用除外）、未按规定就医、自购药品所产生的费用；
2、计划生育措施所需的费用，违反计划生育政策的医疗费用；
3、镶牙、口腔正畸、验光配镜、助听器、人工器官、美容治疗、整容和矫形手术、康复性医疗（如气功、按摩、推拿、理疗、磁疗等）以及各类陪客费、就诊交通费、出诊费、住院期间的其他杂费等费用；
4、存在第三方责任的情况下，发生人身伤害产生的医药费依法由第三责任方承担，如交通事故、医疗事故、工伤等；
5、因自杀、自残、服毒、吸毒、打架斗殴等违法行为以及其家属的故意行为造成伤害所产生的医药费；
6、出国或在港、澳、台地区期间发生的医疗费用；
7、城镇职工医疗保险制度规定不予报销的药品和项目；
8、区医管会确定的其他不予报销的费用。
以上就是律师整理的关于不同的县怎么报销新农合的内容，希望对您有所帮助。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》第十二条 用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费，记入基本养老保险统筹基金。
职工应当按照国家规定的本人工资的比例缴纳基本养老保险费，记入个人账户。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员参加基本养老保险的，应当按照国家规定缴纳基本养老保险费，分别记入基本养老保险统筹基金和个人账户。