处理医疗纠纷的方式有：双方自愿协商；申请人民调解；申请行政调解；向人民法院提起诉讼等法律、法规规定的其他途径。协商确定赔付金额应当以事实为依据，防止畸高或者畸低。
在发生医疗事故的赔偿等民事责任争议时，医患双方可以协商解决，不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。什么是医疗纠纷?
医疗纠纷是指发生在医疗卫生、预防保健、医学美容等具有合法资质的医疗企事业法人或机构中，一方(或多方)当事人认为另一方(或多方)当事人在提供医疗服务或履行法定义务和约定义务时存在过失，造成实际损害后果，应当承担违约责任或侵权责任，但双方(或多方)当事人对所争议事实认识不同、相互争执、各执己见的情形。广义的医疗纠纷包括医患双方发生的民事纠纷(民事赔偿等)、行政纠纷(行政处罚等)、刑事责任(医疗事故罪等)。希望以上内容能对您有所帮助，如果您还有其它问题可以咨询专业律师。《医疗纠纷预防和处理条例》第二十二条 发生医疗纠纷，医患双方可以通过下列途径解决：
　　（一）双方自愿协商；
　　（二）申请人民调解；
　　（三）申请行政调解；
　　（四）向人民法院提起诉讼；
　　（五）法律、法规规定的其他途径。