劳动合同丢失，不影响申请劳动仲裁。
没有劳动合同，有证明劳动关系的证据是关键，例如工作证或工作牌(最好盖有公章)、工资卡交易记录、工资条、有公司名称的工装、去地税局打印并盖章的个税完税证明、用人单位为你办理的暂住证、考勤记录、社会保险缴纳记录、派工单、同事证言(离职在职的都可以)、录音录像或者其它有你名字和公章或老板签字的的书面材料等;当然，没有证据也是可以申请劳动仲裁的，只是有败诉的风险。
《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》
第二条 用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：
（一）工资支付凭证或记录（职工工资发放花名册）、缴纳各项社会保险费的记录；
（二）用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件；
（三）劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”“报名表”等招用记录；
（四）考勤记录；
（五）其他劳动者的证言等。
其中，（一）、（三）、（四）项的有关凭证由用人单位负举证责任。
怎么证明事实劳动关系？
用人单位与劳动者未签订劳动合同，可以通过以下凭证证明诉讼劳动关系：劳动者填写的用人单位招用记录；考勤记录；工资支付凭证或记录、缴纳各项社会保险费的记录；用人单位向劳动者发放的能够证明身份的证件；其他劳动者的证言等。
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