有影响，现在都是两证合一，一本驾照不管是摩托车还是汽车违规都扣一本的分，摩托扣分就是扣得驾照分。如果摩托车违章扣分了，不会影响考驾照，但是你买新汽车上牌时，如果摩托车的车主名字与你汽车的车主名字一致的话，就会影响上牌，要先把摩托车的违章消掉才行。摩托车违章如果是是一般超速或闯灯，只要交纳罚款就行了。《安全法》第九十条机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。
第一百零八条当事人应当自收到罚款的行政处罚决定书之日起十五日内，到指定的银行缴纳罚款。如果摩托车违章情节严重，已经违反道路交通安全法律、法规的规定，发生重大交通事故，构成犯罪的，依法追究刑事责任，并由公安机关交通管理部门吊销机动车驾驶证。造成交通事故后逃逸的，由公安机关交通管理部门吊销机动车驾驶证，且终生不得重新取得机动车驾驶证。但是如果不及时接受处罚的话：第一百零九条当事人逾期不履行行政处罚决定的，作出行政处罚决定的行政机关可以采取下列措施：
（一）到期不缴纳罚款的，每日按罚款数额的百分之三加处罚款；
（二）申请人民法院强制执行。