农村自建房属于尚未取得所有权或者尚未取得完全所有权的房屋，如果双方协议不成的，人民法院不宜判决房屋所有权的归属，应当根据实际情况判决由当事人使用。
当事人就前款规定的房屋取得完全所有权后，有争议的，可以另行向人民法院提起诉讼。
根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国婚姻法》若干问题的解释(二)（法释200319号）规定：
第二十一条
离婚时双方对尚未取得所有权或者尚未取得完全所有权的房屋有争议且协商不成的，人民法院不宜判决房屋所有权的归属，应当根据实际情况判决由当事人使用。
当事人就前款规定的房屋取得完全所有权后，有争议的，可以另行向人民法院提起诉讼。