1、犯罪客体不同。
玩忽职守罪侵犯的是国家机关的正常管理活动；而重大责任事故罪侵犯的是工厂、矿山、林场等企业、事业单位的生产安全。
2、犯罪的行为方式不同。
在玩忽职守犯罪中，行为人表现为消极地不履行自己的法定职责，或者不认真履行自己的法定职责；而在重大责任事故犯罪中，行为人表现为不服管理、违反规章制度，或者实施了强令工人违章冒险作业行为。
3、犯罪主体不同。
玩忽职守罪的犯罪主体只能是国家机关工作人员；而重大责任事故罪的犯罪主体是工厂、矿山、林场等企业、事业单位的职工。