对于有两个孩子的夫妻离婚，抚养权的归属先由夫妻协商处理。协商不定的，可以选择通过诉讼的方式争取孩子的抚养权。
如果两个孩子都过了哺乳期时，法院一般情况会判决一人一个，这是法院从经济责任分摊、孩子成长、家长精力等这些角度考虑的，但也有可能有其他的判法。具体怎么判由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况决定。
如果孩子还在哺乳期，原则上会交由母亲抚养，对方需要给付抚养费。抚养费判决的一般原则是：如果两个孩子，双方分别抚养一个时，不需要相互给抚养费如果都是一方抚养，另一方需要每月给抚养费，具体数额是根据当地生活水平、孩子生活、教育需要来定的，一般不超50月工资收入。
总之，夫妻离婚时孩子抚养权怎么判，法院会在法律规定范围以内，结合案件具体情况，综合权衡和判断。