可以申请法院执行，但只限于查封。
1、小产权房原始所有人(即“大产证所有人”)违法是可以被法院查封的。
2、小产权房其他居住人违法是无法被法院查封的，
(1)小产权房是法律所禁止出售的房屋;
(2)小产权房无法办理房产证;
(3)居住人虽然花钱购买了房屋，但是无法办理产证，因此也就无法确认其所有权，故法院就难以查封的;
(4)但是，原始所有人是可以被查封的，因为有其房产证。什么情况下法院会查封房屋?法院查封房产的情形包括：
(1)恶意转移、变卖房产;
(2)诉前保全;
(3)执行案件中，暂无履行能力或其他可供执行财产的。