可以证明夫妻双方已经分居两年的证据包括：1、一方在外居住的房屋租赁合同。

2、双方签订的夫妻分居书面协议，一定是要书面的，口头协议必须得对方承认。

3、一方向另一方发出的书面分居文书。

4、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实。

5、人证也可以，不过单独的证人证言难为法院采信，要辅佐以其他的证据。