港澳通行证丢失后可以采取下列方法：

1、在大陆地区丢失港澳通行证的，如果港澳通行证是个人签的（也就是G签）就需要到户口所在地（也就是证件的颁发地）的公安局出入境管理科，挂失，并且申请补办。

如果是团队签证的港澳通行证（也就是L签）就直接汇报帮你办证的旅行社即可。

2、在港澳地区丢失港澳通行证的，需要先前往外交部驻港公署提交挂失申请。申请提交审核成功之后，我们还需要前往香港出入境管理处，补办港澳通行证，填写相关材料，领取新的港澳通行证。

【法律依据】《中华人名共和国出入境法》第十条　中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定。具体管理办法由国务院规定。