持有C1驾驶证驾驶摩托车扣分。驾照是分等级的，C1驾驶证是针对私家车，小型轿车的，摩托车是有自己专门的证。

按照目前的法规，用C1驾驶证驾驶摩托车，驾驶与准驾车型不符的违法行为，将按照《道路交通安全法》第九十条的规定：

处警告或者二十元以上二百元以下罚款，以及根据《道路交通安全违法行为记分分值》规定一次记分12分。