工厂对有案底的员工档案一般是没有办法查出来的，因为目前我国公民的个人相关信息（包括是否有案底）还不能实现上网查询，因此，企业也就无法查询（企业请求公安机关协查除外）。

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百七十五条规定：

犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。