工商行政管理机关可以采取行政处罚，包括责令停止侵权、并可处以罚款。即工商行政机关对商标侵权行为作出行政处罚时，在责令立即停止侵权行为的同时，可以对是否并处罚作出选择。

而工商行政机关在行使该自由裁量权时，应根据《行政处罚法》第四条第二款确立的“过罚相当原则”，综合考虑处罚相对人的主观过错程度、违法行为的情节、性质、后果及危害程度等因素，决定是否对相对人并处罚款，以及罚款的金额。进行处理的工商行政管理部门还根据当事人的请求，可就侵犯商标专用权的赔偿数额进行调解，调解不成的，当事人可依法向人民法院起诉。

法律依据：《中华人民共和国商标法》第六十条有本法第五十七条所列侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。