事实婚姻不可以协议离婚。协议离婚中，结婚证是必不可少的，而事实婚姻并没有进行结婚登记，因此事实婚姻想要协议离婚，必须双方去补办结婚登记，否则只能到人民法院起诉，不能到婚姻登记部门办理协议离婚。

最高人民法院关于适用《中华人民共和国婚姻法》若干问题的解释(一)第五条规定，　未按婚姻法第八条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，起诉到人民法院要求离婚的应当区别对待：

(一)1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理;

(二)1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其在案件受理前补办结婚登记;未补办结婚登记的，按解除同居关系处理。