工程质量纠纷施工单位擅自停工可以协商解决，如果因施工单位擅自提供导致发包方损失的，要承担赔偿责任的。

《合同法》第281条规定，因施工人的原因致使建设工程质量不符合约定的，发包人有权要求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。

经过修理或者返工、改建后，造成逾期交付的，施工人应当承担违约责任。

《建设工程合同司法解释》第11条规定，因承包人的过错造成建设工程质量不符合约定，承包人拒绝返修、返工或者改建，发包人请求减少支付工程价款的，应予支持。