推翻瑕疵的司法鉴定结果有以下方式：

1、坚持申请重新鉴定；

2、向司法行政机关投诉；

3、搜集证据推翻司法鉴定结果。

【法律依据】《司法鉴定通则》第十六条规定，司法鉴定机构决定受理鉴定委托的，应当与委托人签订司法鉴定委托书。

司法鉴定委托书应当载明委托人名称、司法鉴定机构名称、委托鉴定事项、是否属于重新鉴定、鉴定用途、与鉴定有关的基本案情、鉴定材料的提供和退还、鉴定风险；

以及双方商定的鉴定时限、鉴定费用及收取方式、双方权利义务等其他需要载明的事项。