推翻司法鉴定结论有以下方式：

1、坚持申请重新鉴定；

2、向司法行政机关投诉反映，以达到撤销违法司法鉴定意见的目的；

3、主动搜集其他证据推翻鉴定意见，使得鉴定意见不能作为定案证据。

法律依据：《司法鉴定通则》第十六条规定，司法鉴定机构决定受理鉴定委托的，应当与委托人签订司法鉴定委托书。

司法鉴定委托书应当载明委托人名称、司法鉴定机构名称、委托鉴定事项、是否属于重新鉴定、鉴定用途、与鉴定有关的基本案情、鉴定材料的提供和退还、鉴定风险；以及双方商定的鉴定时间、鉴定费用及收取方式、双方权利义务等其他需要载明的事项。