工程质量不合格的后果如下：

1、施工单位对施工中出现质量问题的建设工程或者竣工验收不合格的建设工程，应当负责返修。

2、施工单位在施工中偷工减料的，使用不合格的建筑材料、建筑构配件和设备的，或者有不按照工程设计图纸或者施工技术标准施工的其他行为的，责令改正，处工程合同价款2%以上4%以下的罚款;

3、造成建设工程质量不符合规定的质量标准的，负责返工、修理，并赔偿因此造成的损失;情节严重的，责令停业整顿，降低资质等级或者吊销资质证书。

【法律依据】

《建设工程质量管理条例》第三十二条，施工单位对施工中出现质量问题的建设工程或者竣工验收不合格的建设工程，应当负责返修。