工程质量不合格处理方式有：返修处理、加固处理、返工处理、限制使用、不作处理和报废处理等。
【法律依据】
《建设工程质量管理条例》第三十二条，施工单位对施工中出现质量问题的建设工程或者竣工验收不合格的建设工程，应当负责返修。
