农村土地使用证没档案，首先，应该咨询土地管理局，如果系统中也没有档案的话可以找土地使用证可以找寻相关部门办理，准备好材料进行申请办理即可，如果是土地管理人员的疏忽问题可以选择进行上诉，或者选择重新提交材料进行申请。

【法律依据】

《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四条规定，农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。