处理施工单位的工程索赔纠纷：

1、要及时发现索赔机会；

2、签商好合同协议；

3、对口头变更指令要得到确认；

4、及时发出索赔通知书；

5、索赔事件论证要充足；

6、索赔计算方法和款额要适当。

【法律依据】

《合同法》第二百八十三条规定：发包人未按照约定的时间和要求提供原材料、设备、场地、资金、技术资料的，承包人可以顺延工程日期，并有权要求赔偿停工、窝工等损失。