以下情形，用人单位从员工的工资中进行扣发是合法的：

1、代缴的个人所得税；

2、代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

3、协助执行法院判决、裁定，及其它生效的法律文书；

4、抵扣用人单位的损失。

据《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。

但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。