强奸案失去直接证据，应用间接证据认定强奸事实。

根据《办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》第三十三条规定，没有直接证据证明犯罪行为系被告人实施，但同时符合下列条件的可以认定被告人有罪：

(一)据以定案的间接证据已经查证属实；

(二)据以定案的间接证据之间相互印证，不存在无法排除的矛盾和无法解释的疑问；

(三)据以定案的间接证据已经形成完整的证明体系；

(四)依据间接证据认定的案件事实，结论是唯一的，足以排除一切合理怀疑；

(五)运用间接证据进行的推理符合逻辑和经验判断。