一、投资比率：长期股权投资在投资比率上没有限制，而企业合并有投资比例限制，一般在50%以上；

二、在合并成本分配上不同：长期股权投资不涉及合并成本的分配，在企业合并中，只有吸收合并与创立合并才存在合并成本的分配问题；

三、合并差额的处理不同。

【法律依据】

《公司法》第一百七十二条，公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。