约定特殊工时制度是否有效要看是否满足以下要件：

1、得到劳动行政部门的批复；

2、劳资双方约定明确。

【法律依据】

《上海市促进中小企业发展条例》第十三条规定，中小企业因生产特点、工作特殊需要等原因，经与职工协商可以向人力资源社会保障行政管理部门申请实行不定时工作制或者综合计算工时制。