直接去民政局办。《婚姻法》第三十一条规定，男女双方自愿离婚的，准予离婚。双方必须到婚姻登记机关申请离婚。婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产问题已有适当处理时，发给离婚证。当事人离婚的，必须双方亲自到一方户口所在地的婚姻登记管理机关申请离婚登记，申请时，应当持下列证件和证明：
1、户口证明2、居民身份证3、所在单位、村民委员会或者居民委员会出具的介绍信4、离婚协议书通过上文的描述，我们知道了，分居两年后是可以去民政局办理离婚手续的。但是，您需要仔细分辨两年这个时间的定义，同时还需要整理相关证据。分居两年，两年这个时间如何计算通常情况下，夫妻分居两年可以去民政局申请办理离婚证，但是，这里所指的分居的前提应该是感情不和而分居，并不是因为工作、学习、户口等其他原因造成的分居。分居时间应从提出离婚的夫妻二人共同认可的最后一次同居的第二天起计算，到提出离婚诉讼，即向人民法院递交诉讼状的当天止。如果分居后又同居，应从同居后又分居的时间重新计算，前面的分居时间终止，也就是说不应把前后几次分居的时间累计计算。如何证明夫妻已经分居两年1、如果对方认可，则无需举证2、可以提供证人证言3、可以保留相应的租房证明，以租期来证明4、一方向另一方发出的书面分居文书，最好是用快件性质邮寄，在备注栏里注明“分居协议”，并且保留邮寄凭证，从邮寄之日起到提起离婚期间属于夫妻分居时间5、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实。