行为人电子眼违章的处理方法如下：

1、携带驾驶证到车管所查询是否违章；

2、确定违章的，填写确认书；

3、携带确认书到指定银行缴纳罚款。

【法律依据】

《道路交通安全法》第九十条规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。