特许经营合同纠纷的管辖是根据《民事诉讼法》第24条的原则规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。实践中，当事人往往对管辖问题作出约定，人民法院经审查合法有效的，不违反关于知识产权案件专属管辖和级别管辖规定的，可以按照约定确定管辖法院。