确定公民自然死亡的依据是：

(1)被继承人呼吸停止，心脏停止跳动的时间;

(2)医院的死亡证书中记载的死亡时间;

(3)户籍管理登记手册中记载的死亡时间。

【法律依据】

《民法总则》第四十八条，

被宣告死亡的人，人民法院宣告死亡的判决作出之日视为其死亡的日期；因意外事件下落不明宣告死亡的，意外事件发生之日视为其死亡的日期。