实习期内酒后驾驶扣12分的处理是，注销其实习的准驾车型驾驶资格。被注销的驾驶资格不属于最高准驾车型的，还需要注销其最高准驾车型驾驶资格。

【法律依据】根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十一条，饮酒后驾驶机动车的，处暂扣六个月机动车驾驶证，并处一千元以上二千元以下罚款。