保护非婚生子女合法权益的方式如下：

1、我国《婚姻法》第二十五条规定，非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何人不得加以危害和歧视。

不直接抚养非婚生子女的生父或生母，应当负担子女的生活费和教育费，直至子女能独立生活为止。

2、综上，非婚生子的合法权益有明确的法律规定，其监护人可以通过向法院起诉等法律程序保障其合法权益。