申请注册三维标志商标的限制条件：

1、仅由商品自身的性质产生的形状，不得注册为商标。

2、为获得技术效果而需有的商品形状，不得注册为商标。

3、使商品具有实质性价值的形状，不得注册为商标。

【法律依据】

《商标法》第二十二条，商标注册申请人应当按规定的商品分类表填报使用商标的商品类别和商品名称，提出注册申请。商标注册申请人可以通过一份申请就多个类别的商品申请注册同一商标。商标注册申请等有关文件，可以以书面方式或者数据电文方式提出。