夫妻分居期间，婚姻关系仍然存在，双方的收入仍然是夫妻共同财产，子女抚育费应当在共同财产中支出给付。法院一般会根据当时子女的生活教育需要确定一个抚育费标准，然后按分居时间，由未付方用分割所得财产抵偿另一方，不足以抵偿的，可以通过形成债权的方式加以解决。
【法律依据】
《婚姻法》第三十七条，离婚后，一方抚养的子女，另一方应负担必要的生活费和教育费的一部或全部，负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成时，由人民法院判决。 关于子女生活费和教育费的协议或判决，不妨碍子女在必要时向父母任何一方提出超过协议或判决原定数额的合理要求。